A partir da terceira fase, entram Flamengo, Palmeiras, Internacional, Fluminense, Corinthians, Athletico, Atlético-MG e Fortaleza (classificados para a Libertadores), São Paulo (nono colocado no último Brasileirão), Cruzeiro (campeão da Série B), Sport (vice-campeão da Copa do Nordeste) e Paysandu (campeão da Copa Verde).

Eles se juntam aos 20 clubes que passaram das duas primeiras fases. Os jogos serão em ida e volta, com sorteio de mando pela CBF, com decisão nos pênaltis em caso de empate na soma dos placares dos dois jogos.

A CBF irá distribuir uma premiação recorde na Copa do Brasil 2023. Serão R$ 420 milhões divididos entre a primeira fase até a final. O campeão leva R$ 70 milhões e o vice R$ 30 milhões, sem contar o valor acumulado das outras fases.

Uma mudança significativa foi no critério de premiação aos clubes, que agora passarão a ganhar de acordo com a divisão do Campeonato Brasileiro que disputam. Os clubes sem divisão nacional receberão o mesmo valor do pote dos clubes das Séries C e D (veja na tabela abaixo).

O campeão da Copa do Brasil acumulará R$ 91,8 milhões se vier desde a primeira fase e fizer parte do grupo 1; R$ R$ 91,35 milhões se fizer parte do grupo dois, ou R$ R$ 90,35 milhões se vier do grupo 3. Se o campeão for uma das 12 equipes que iniciarão a partir da terceira fase, o prêmio acumulado em caso de título será de R$ 88,7 milhões.